Структура ДП «ГЦЦК» включає керівництво, спеціалізовані центри та відділи для реалізації стратегічних завдань підприємства.
Моніторинг та аналіз стану кіберзахисту підприємств галузі, реагування на кіберінциденти.
Забезпечення безперервності, доступності та безпеки електронних сервісів підприємства.
Розвиток платіжних сервісів, зокрема оплати за використання дозволів ЄКМТ.
Навчання та перевірка знань, зокрема працівників субʼєктів перевезення небезпечних вантажів.
Координація проєктів цифровізації та інформатизації галузі.
Кадрове забезпечення, документообіг та закупівлі підприємства.
Реалізація Антикорупційної програми, розгляд повідомлень про можливі порушення.
Правове забезпечення діяльності підприємства.